En 1894, un grupo de inmigrantes judíos llegados a la Argentina desde diferentes países de Europa, de los que escapaban por el hambre y las persecuciones raciales, deciden fundar la AMIA, con el objetivo de brindar un marco de pertenencia formal y ayuda a la comunidad judía que comenzaba a instalarse en el país.
Con las primeras décadas del siglo XX, el arribo de numerosos contingentes migratorios y el desarrollo nacional, la institución fue creciendo y multiplicando su actividad. En 1945 inaugura su sede histórica ubicada en Pasteur 633.
La organización fue diversificando sus tareas, volcando los esfuerzos en el área social, educativa y cultural. En medio de las actividades planificadas para la celebración por el Centenario de su creación, el 18 de julio de 1994 a las 9.53hs, un atentado terrorista destruyó el edificio, asesinando a 85 personas e hiriendo a otras 300. Dos años antes, el 17 de marzo de 1992, un ataque de similares características contra la Embajada de Israel en Buenos Aires, había dejado 27 víctimas fatales y más de 100 heridos.
El terrorismo fundamentalista mostraba así su desprecio por la vida anticipando lo que años más tarde enlutaría al mundo entero con los ataques en Nueva York, Madrid, Londres, Bombay, entre muchos otros.